Krótki okres rozwoju regionu przerwał wybuch II wojny światowej. W dniu 13 września 1939 roku wojska niemieckie wkroczyły do zakładu. Nastąpił demontaż urządzeń, wywiezionych następnie w głąb Rzeszy. W pustych budynkach okupanci zorganizowali magazyn broni i amunicji, zmuszając okoliczną ludność do przymusowej pracy. Odmówienie pracy karane było śmiercią, czego przykładem jest fakt rozstrzelania z tego powodu pięciu mieszkańców Sarzyny.
Okupacja oraz działania wojenne spowodowały na terenie fabryki ogromne straty. Zniszczeniu uległa elektrownia, budynki produkcyjne i mieszkalne, spaliło się 50 ha lasu. 22 lipca 1944 roku, po ośmiogodzinnej bitwie do zakładu wkroczyli Rosjanie. Nie zastali tu broni i amunicji, gdyż ta została wcześniej przez Niemców wywieziona. Oczyszczaniem terenu fabryki z min i resztek amunicji zajęli się żołnierze Wojska Polskiego. Następnie zarząd objęły Zakłady Chemiczne Boruta w Zgierzu - jeden z głównych przedwojennych udziałowców inwestycji.