Po zamordowaniu przez Fokasa cesarza bizantyjskiego Marycjusza i jego synów oraz koronacji Fokasa, w maju 603 wysłał list gratulacyjny nowemu cesarzowi: Wierzymy, że wiele radości ogarnie wkrótce nas, którzy cieszymy się, że zacna Łaskawość Wasza doszła do szczytu cesarskiej władzy [...] z dobrotliwych waszych czynów cieszy się ludność całej rzeczypospolitej, dotychczas ciężko nękana. Listem tym rozpoczął naprawę stosunków z Konstantynopolem, dzięki czemu Fokas uznał, że biskup Rzymu jest głową wszystkich kościołów.
We wnętrzu Kościoła łacińskiego przywrócił karność wśród duchowieństwa i odbudował struktury organizacyjne. Był przeciwnikiem nepotyzmu i symonii, a także zwolennikiem celibatu, który w ówczesnych czasach nie był obligatoryjny. Stał na straży niezależności Kościoła od władz świeckich. Podzielił symonię na kilka rodzajów: munus a manu - środki pieniężne albo prezenty, munus ab absequio - przysługi oraz przyrzeczenie, munus a lingua - wstawiennictwo.