W latach 1812–1813, w okresie formalnego sojuszu francusko-pruskiego, odmówił służby, porzucił armię pruską i wstąpił do rosyjskiej. Pozostawił manuskrypt Zasady wojny jako instrukcje dla następcy tronu. Walczył w całej kampanii rosyjskiej, odegrał kluczową rolę w doprowadzeniu do zmiany sojuszu przez pruskiego gen. Yorcka, został rosyjskim oficerem łącznikowym z kwaterą Blüchera, później mianowany dowódcą rosyjsko-pruskiego legionu.
W 1814 przywrócony do armii pruskiej. Rok później walczył pod Waterloo jako szef sztabu III Korpusu armii pruskiej generała Thielmanna. W latach 1816–1818 służył w sztabie generała Gneisenau w Koblencji. W 1818 otrzymał stopień generała majora. Został dyrektorem Akademii Wojskowej (funkcję tę pełnił do 1830 roku). W tym czasie poświęcił się głównie badaniom naukowym.
W 1831 został mianowany szefem sztabu armii obserwacyjnej generała Gneisenau w Poznaniu, zlokalizowanej na granicy z Królestwem Polskim, mającej kontrolować przebieg powstania listopadowego. Rosyjska armia interwencyjna przywlekła ze sobą epidemię cholery, na którą zmarł 16 listopada we Wrocławiu.
Spuścizna Główne dzieło Clausewitza O wojnie (Vom Kriege) zostało opublikowane już po jego śmierci za staraniem żony w Berlinie, w latach 1832–1837.