Powrót do kraju pozwolił jednak markizowi wziąć udział w bitwie u Finisterre, gdzie dowodząc flotą francuską niezwykle zręcznie i dzielnie przeciwstawiał się przeważającemu Ansonowi, co uratowało większość żaglowców osłanianego przez niego konwoju. Ostatecznie musiał on jednak ulec liczebnej przewadze wroga, i ranny dostał się do brytyjskiej niewoli. W tej sytuacji gubernatorem Nowej Francji został Rolland-Michel Barrin.
Taffanel przebywał ponad dwa lata uwięziony w Londynie i przybył do Quebecu, by ostatecznie objąć swój urząd dopiero 15 sierpnia 1749. Rozszerzył granice kolonii na zachód, i generalnie zdobył sobie opinię dobrego i energicznego administratora. Jednocześnie jednak wprowadził monopol na handel futrami, na którego czele sam stanął. W krótkim czasie dorobił się olbrzymiego majątku 300 tysięcy franków, ale ściągnęło to na niego oskarżenia o korupcję.
Umarł 17 marca 1752 w kolonii. Został pochowany w kościele l’église des Récollets obok swych wielkich poprzedników Frontenaca, Callière i Vaudreuila.