Już w 1524 elementy zawieszenia dzwonu wymagały remontu. Wówczas na nowo wykonano żelazne obejmy łączące koronę dzwonu z przeciwwagą oraz wykonano nowe łożyska. Poprawiono również zawieszenie serca dzwonu. 5 listopada 1525 roku opracowany został dokument regulujący zasady obsługi „wielkiego dzwonu”. Zgodnie z nim dzwon Zygmunt miał dzwonić 120 razy w roku w stałych terminach liturgicznych oraz dodatkowo z powodów ważnych wydarzeń państwowych lub w rodzinie królewskiej. Tak częste używanie dzwonu (oraz pozostałych czterech dzwonów zawieszonych na wieży) nie pozostało bez wpływu na konstrukcję dzwonnicy. Już w 1530 odnotowano zarysowania i pęknięcia jej murów. Wkrótce stan wieży się pogorszył. W 1558 król Zygmunt II August nakazał wielkorządcy krakowskiemu Janowi Bonerowi zająć się naprawą wieży lub zdjąć dzwon. Ostatecznie przystąpiono do prac remontowych, w ramach których wykonano m.in. skarpy podpierające wieżę. W kolejnych stuleciach kilkukrotnie jeszcze remontowano wieżę, aż do kompleksowego remontu w latach 1895–1899 połączonego z wykonaniem ponad 4-metrowego fundamentu, co ostatecznie ustabilizowało budowlę.