Działka małokalibrowe zdjęto jednak po wyczerpaniu ich resursów i uzbrojenie ograniczono do wielkokalibrowych karabinów maszynowych WKM-B kalibru 12,7 mm.
Służba ORP „Wodnik” podniósł po raz pierwszy polską banderę 27 maja 1976 roku. W dziewiczy rejs wyszedł 3 lipca 1976 roku do Leningradu. W dniach 4–26 maja 1983 roku okręt wziął udział w wielkich ćwiczeniach sił Marynarki Wojennej o kryptonimie Reda-83, otrzymując wyróżnienie dowódcy MW.
W 1990 roku zapadła decyzja o wysłaniu „Wodnika” w roli okrętu szpitalnego wraz z okrętem ratowniczym ORP „Piast” w skład koalicji międzynarodowej biorącej udział w I wojnie w Zatoce Perskiej. „Wodnik” został w tym celu zaadaptowany do roli okrętu szpitalno-ewakuacyjnego, zdjęto z niego uzbrojenie, zabudowano na rufie lądowisko dla śmigłowca, okręt przemalowano na biało i oznakowano symbolami Czerwonego Krzyża. 29 grudnia 1990 roku okręty wyszły z Polski na wody Zatoki Perskiej. W nocy z 15 na 16 lutego 1991 „Wodnik” stał w porcie Al-Dżubajl w Arabii Saudyjskiej, który po przybyciu amerykańskiego okrętu desantowego USS „Tarawa” stał się celem ataku rakietowego Irakijczyków. O godz.