Na początku XX wieku wprowadzono znaczące zmiany w wyglądzie kościoła. Dobudowano drugą nawę boczną od strony południowej, a do prezbiterium – również od strony południowej – dostawiono nową zakrystię z przedsionkami. Autorem projektów przebudowy był architekt Aleksander Biborski.
W kościele tym w dniu 13 kwietnia 1884 roku została ochrzczona Emilia Kaczorowska, matka Karola Wojtyły. W dniu 10 listopada 1910 r. wzięli tutaj ślub Feliks Dzierżyński i Zofia Muszkat. W styczniu 1945 roku uszkodzenia wojenne tego kościoła z tego powodu naprawiała jedna z jednostek Armii Czerwonej.
W prawej nawie bocznej znajduje się konfesja błogosławionej Hanny Chrzanowskiej, składająca się z relikwiarza oraz pentaptyku. Kościół jest sanktuarium Hanny Chrzanowskiej.
Wyposażenie kościoła Późnogotycki pentaptyk z XV wieku ze sceną Koronacji Matki Boskiej, przeniesiony do tutejszego kościoła na początku XIX wieku z likwidowanego kościoła św. Gertrudy. Wczesnorenesansowy obraz Madonny ze świętymi Wojciechem i Stanisławem. Brązowa chrzcielnica z 1536 oraz stalle z herbem UJ.