Z upływem czasu, ze względu na rujnujące miasto wojny szwedzkie, epidemie (dżuma w latach 1709–1710 uśmierciła niemal wszystkich mieszkańców) oraz przesunięcie się głównych osi handlowych na wschód (Suwałki, później Augustów), miejscowość podupadła. Do 1795 roku Przerośl należała administracyjnie do województwa trockiego jako siedziba starostwa przeroskiego. Drugi okres świetności przypadł na przełom wieków XVIII i XIX, kiedy to napłynęła ludność żydowska (stanowiąca w II połowie XIX wieku ponad 30% populacji). W 1799 roku Przerośl była największym miastem Suwalszczyzny (przed Suwałkami, Raczkami i Filipowem) i liczyła 246 domów z 1310 mieszkańcami. W 1870 roku Przerośl straciła prawa miejskie. Przed I wojną światową mieszkało tu 2400 osób, a przed drugą 4000Przerośl na suwalszczyzna.com.pl..
W okresie międzywojennym Przerośl była siedzibą komisariatu Straży Celnej „Przerośl” oraz stacjonowała tu placówka Straży Celnej „Przerośl”. thumb|Budynek szkoły podstawowej i gimnazjum, lata 30. XX w.