Kościół istniał już w XVI w. W czasie reformacji wieś znalazła się na terenie Prus Książęcych, gdzie obowiązujący był luteranizm. W XVII w. kościół należał do Rościszewskich, którzy posiadali także majątki ziemskie na Mazowszu. Rościszewscy opierając się na prawie patronatu wprowadzili katolicyzm w swoim kościele (kościół podlegał parafii Wielki Łęck). Było to możliwe dzięki wsparciu króla polskiego. W roku 1647 kościół był zrujnowany, ale szybko został odbudowany.

W 1785 r. w Przełęku Małym były 23 domu, natomiast w Przełęku Wielkim – 14 domów. W 1848 r. w Przełęku Małym były 22 i 229 mieszkańców, a w Przełęku Wielkim – 18 domów i 158 mieszkańców.

Po zakończeniu I wojny światowej część mieszkańców wsi wyjechała do Niemiec a w ich miejsce przyjechali z Wołynia koloniści niemieccy, sprowadzeni przez króla Stanisław Augusta na Wołyń. Spośród dawnych mieszkańców pozostali Bagińscy (mieszkający tu od 300 lat) oraz Pszczółkowscy (mieszkający tu od ok. 100 lat).

W latach 1928–1933 wykonano melioracje oraz uregulowano rzekę Działdówkę. W wyniku osuszenia powstały łąki.