Cele Początkowo wspierała ugrupowania islamskie walczące z armią radziecką podczas wojny afgańskiej. W 1991 przekształciła się w organizację terrorystyczną, mającą zasięgiem obejmować na początku XXI w. kilkadziesiąt krajów, a mimo tego być zdolną do wykonywania (nagrywanych od czasu do czasu na kasetach VHS) rozkazów swojego ukrywającego się przywódcy, wpływania na politykę międzynarodową, a nawet kształtowania tendencji teologicznych. W latach 1989–1991 jej kwatera główna miałaby się znajdować w Pakistanie, potem w Sudanie, od 1996 w Afganistanie.
Według deklaracji wojny ogłoszonej przez Osamę Bin Ladena celem Al-Ka’idy jest radykalizacja istniejących ugrupowań islamskich i utworzenie ich w miejscach, gdzie nie występują; powstrzymanie ekspansji Stanów Zjednoczonych, których polityka zagraniczna i uwarunkowania kulturowe postrzegane są jako główne przeszkody w reformowaniu muzułmańskich społeczeństw; porozumienie o nieagresji z Europą; popieranie muzułmańskich wojowników w Afganistanie, Algierii, Bośni, Kosowie, Pakistanie, Somalii, Tadżykistanie i Jemenie.