Aspekty medyczne Zabiegi tego typu są bardzo skomplikowane i pracochłonne. Pacjent po transplantacji przyjmuje przewlekle leki modulujące odpowiedź układu odpornościowego, co zmniejsza ryzyko, że wszczepiony narząd zostanie odrzucony (reakcja odrzucenia przeszczepu). W przypadku przeszczepu komórek układu odpornościowego, możemy mieć do czynienia z sytuacją odwrotną, jest to tak zwana choroba przeszczep przeciw gospodarzowi.
Rozwój transplantologii spowodował sprecyzowanie pojęcia śmierci. Obecnie korzysta się z pojęcia „śmierć mózgu”. Rozpoznanie śmierci mózgu opiera się na stwierdzeniu nieodwracalnej utraty jego funkcji. Kryteria i sposób stwierdzania trwałego nieodwracalnego ustania czynności mózgu określone zostały w Obwieszczeniu Ministra Zdrowia z dnia 17 lipca 2007 r. w sprawie kryteriów i sposobu stwierdzenia trwałego nieodwracalnego ustania czynności mózgu.. Nowelizacja Ustawy transplantacyjnej wprowadziła również możliwość pobierania komórek, tkanek i narządów po stwierdzeniu nieodwracalnego zatrzymania krążenia. Kryteria stwierdzania nieodwracalnego zatrzymania krążenia, poprzedzającego pobranie komórek, tkanek lub narządów do przeszczepienia określa Obwieszczenie Ministra Zdrowia z dnia 9 sierpnia 2010 r.