Wieś leży na Nizinie Śląskiej, w pobliżu Gór Opawskich. Według podziału fizycznogeograficznego z 2017 dr. Krzysztofa Badory, Piorunkowice znajdują się w granicach mikroregionów Wysoczyzna Bialska (318.58.1) i Dolina Górnej Ścinawy Niemodlińskiej (318.58.2). W granicach administracyjnych wsi znajduje się wzniesienie Ziębina. W obszarze wsi przepływają rzeka Ścinawa Niemodlińska i potok Meszna. Leży na wysokości 230–270 m n.p.m.
Leży na terenie Nadleśnictwa Prudnik (obręb Prudnik).
Środowisko naturalne W Piorunkowicach panuje klimat umiarkowany ciepły. Średnia temperatura roczna wynosi +8,1 °C. Duże zróżnicowanie dotyczy termicznych pór roku. Średnie roczne opady atmosferyczne w rejonie Piorunkowic wynoszą 610 mm. Dominują wiatry zachodnie.
Nazwa Nazwa wywodzi się od słowiańskiej nazwy określającej zjawisko atmosferyczne piorun. W kronice łacińskiej Liber fundationis episcopatus Vratislaviensis (pol. Księga uposażeń biskupstwa wrocławskiego) spisanej w latach 1295–1305 miejscowość wymieniona jest w zlatynizowanej formie PerunchovitzLiber fundationis episcopatus Vratislaviensis online.H. Markgraf, J.W. Schulte, „Codex Diplomaticus Silesiae T. 14 Liber Fundationis Episcopatus Vratislaviensis”, Breslau 1889.. Miejscowość nosiła również niemiecką nazwę Schweinsdorf.