Kiedy jednak idee reformacji zaczęły szerzyć się w północnych Włoszech, papiestwo nie mogło pozostać dłużej obojętne, ponieważ dalsze zwlekanie groziło marginalizacją papiestwa.
W listopadzie 1544 roku papież ogłosił kolejną bullę zwołującą sobór powszechny, mający na celu wytępienie herezji, reformę obyczajów i moralności w Kościele, oraz zaprowadzenie pokoju w świecie chrześcijańskim. Sobór ten ostatecznie odbył się i przeszedł do historii jako Sobór trydencki. Przyjęcie jego uchwał przez kolejne państwa europejskie można uznać za formalny początek odnowy Kościoła rzymskokatolickiego.
Ponieważ reformacja była ruchem odwołującym się do racjonalizmu na tym polu i odwołując się do argumentacji racjonalistycznej, Kościół katolicki podjął polemikę i walkę o odzyskanie swoich wpływów. Rozwinęła się literatura polemiczna, również pisana w językach narodowych w celu trafienia do szerszych warstw, nieznających łaciny. Obok rozwijało się również kaznodziejstwo. Ignacy Loyola zalecał jak najbardziej plastyczne i realistyczne wyobrażenie sobie medytacji.