Pierwszymi właścicielami wsi byli Szamotulscy. W 1469 biskup poznański Andrzej Bniński ze względu na prośbę oraz zasługi kasztelana poznańskiego i starosty generalnego Wielkopolski Piotra z Szamotuł odnowił spalony przywilej dla kapeli śpiewaków św. Trójcy w kolegiacie św. Stanisława w Szamotułach w sprawie nadanych im dziesięcin z Jastrowia koło Szamotuł, Samołęża, Pęckowa koło Wielenia oraz Wrzeszczyny. W 1475 papież Sykstus IV na prośbę Andrzeja Szamotulskiego zatwierdził wspomnianą darowiznę.
W 1510 Pęckowo znajdowało się w posiadaniu wojewody poznańskiego Andrzeja z Szamotuł. W 1515 król polski Zygmunt I Stary nadał kasztelanowi poznańskiemu Łukaszowi z Górki zamek Wieleń wraz z miastami Wieleń i Wronki oraz z okolicznymi wsiami, w tym m.in. z Pęckowem. W latach 1564–1565 dobra królewskie Wieleń, a w tym także Pęckowo, znajdowały się w posiadaniu starosty kolskiego Stanisława z Górki. W 1595 Piotr Czarnkowski sprzedał z zastrzeżeniem prawa odkupu Chrystianowi margrabiemu brandenburskiemu dobra Wieleń, w tym m.in. wieś Pęckowo, za 25 000 złotych.