Czas wojny Wiosną 1941 r. na terenie wsi Niemcy urządzili obóz dla jeńców sowieckich, stalag 37. Obóz zajmował teren o powierzchni ok. 70 ha i mógł pomieścić jednorazowo do 30 000 ludzi. Był to tzw. obóz przejściowy, po krótkim pobycie jeńców wywożono stąd dalej w głąb Rzeszy, do Bełżca lub Oświęcimia. Na terenie obozu zginęła, głównie z głodu, bliżej nieokreślona liczba żołnierzy sowieckich. W wyniku ekshumacji wykonanej w 1944 zlokalizowano 22 masowe mogiły ofiar obozu. Po wywiezieniu ostatnich jeńców wiosną 1942 obszar obozu zmniejszono, przeznaczając go dla Żydów. Podczas okupacji wieś była aktywnie zaangażowana w ruch oporu, co wielu jej mieszkańców przypłaciło życiem. W kwietniu 1942 grupa żołnierzy AK przecięła druty ogradzające obóz, umożliwiając ucieczkę ok. 70 jeńcom. W styczniu 1944 Niemcy rozstrzelali w Pełkiniach 232 Polaków, przywiezionych z krakowskiego więzienia Montelupich.