Podczas Wielkiej Wojny Feudalnej w Wielkim Księstwie Moskiewskim Twer ponownie zyskał na znaczeniu i zawarł sojusze obronne z Litwą, Nowogrodem, Bizancjum i Złotą Ordą. Borys z Tweru wysłał jednego ze swoich ludzi, Afanasija Nikitina, aby aż do Indii szukał złota i diamentów. Dziennik podróży Nikitina, opisujący jego podróż od 1466 do 1472 roku, jest jedną z pierwszych relacji Europejczyka z pierwszej ręki o Indiach. W 1955 roku na nabrzeżu Wołgi otwarto pomnik Nikitina.
Późniejsza historia 12 września 1485 r. wojska Iwana III zajęły miasto, co doprowadziło do jego formalnej aneksji przez Moskwę. Księstwo zostało przekazane jako przynależność synowi Iwana, Iwanowi Młodemu, by zostać zniesione kilkadziesiąt lat później. Ostatni potomkowie panującej dynastii zostali straceni przez Iwana Groźnego w czasie opriczniny. W tym burzliwym okresie Twerem rządził Symeon Bekbulatowicz, były chan Kasimowa. Jedyną pozostałością po jego efemerycznych rządach jest pełen wdzięku przypominający namiot kościół we wsi Kuszalino, 28 kilometrów (17 mil) na północny wschód od Tweru.