Siły niemieckie zostały ostrzelane przez członków Straży, ukrytych w rowach przeciwczołgowych, i po krótkiej wymianie ognia wycofały się na pozycje wyjściowe. Ataki były kilkakrotnie ponawiane 10 września oraz w nocy z 10 na 11 września. Dopiero 11 września rano siły Straży Obywatelskiej zostały zmuszone do opuszczenia Padniewka przez regularną jednostkę Wehrmachtu. Okupant niemiecki po wkroczeniu do miejscowości dokonał masowych egzekucji a w późniejszym okresie wysiedleń i wywózek do obozów koncentracyjnych. Represje dotknęły obrońców wsi, a szczególnie członków Straży ObywatelskiejCzesław Łuczak, Witold Szulc "Studia. Z dziejów Ziemi Mogileńskiej", wydawnictwo PSZ sp. z o.o. Poznań 1996.
W okresie powojennym Padniewko posiadało szkołę podstawową (obecnie w budynku mieści się świetlica wiejska), działały kółka rolnicze i Koło Gospodyń Wiejskich. W okresie 5 października 1954 - 31 grudnia 1959 istniała gromada Padniewko.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa bydgoskiego.
Obecnie Padniewko powoli staje się przedmieściem Mogilna. Przenoszą się tutaj dyslokowane z miasta firmy rzemieślnicze i usługowe. Padniewko zaczęło też korzystać ze swoich walorów przyrodniczych, rozwijając turystykę.