W wyniku wzrostu znaczenia klasztoru mogileńskiego, kościół św. Klemensa podobnie jak inne okoliczne parafie przeszedł pod jego jurysdykcję. Wieś duchowna Padniewo Księże, własność opata benedyktynów w Mogilnie pod koniec XVI wieku leżała w powiecie gnieźnieńskim województwa kaliskiegoAtlas historyczny Polski. Wielkopolska w drugiej połowie XVI wieku. Część II. Komentarz. Indeksy, Warszawa 2017, s. 247.. W dokumencie z 1786 roku znajduje się potwierdzenie opłacania przez wieś czynszu dzierżawnego.
Okres zaborów i międzywojenny W wyniku zaborów Padniewko znalazło się na obszarze zaboru pruskiego. W drugiej połowie XIX wieku Padniewko znajdowało się w dobrach wienieckich, należących do rodziny Seydlitzów. Słownik geograficzny Królestwa Polskiego podaje, że w 1886 roku wieś Padniewko liczyła 21 domostw zamieszkanych przez 219 osób, 198 katolików i 21 protestantów. Folwark miał powierzchnię 226 ha, a jego roczne dochody wynosiły 2244 marki niemieckie. W roku 1910 Padniewko zamieszkiwało 316 osób. Podobnie jak w całym powiecie mogileńskim, także i w Padniewku intensywnie osadzano ludność niemiecką, przy wsparciu Komisji Kolonizacyjnej.
thumb|Miejsce kultu maryjnego w Padniewku