Słownik geograficzny Królestwa Polskiego określał Otomin jako dobra rycerskie w powiecie gdańskim, 9,5 kilometra od Gdańska, położone w romantycznej okolicy nad jeziorem na wysokości 375 stóp n.p.m. Wieś należała do poczty i parafii ewangelickiej w Lublewie oraz parafii katolickiej w Żukowie. W 1868 razem z folwarkiem Rębowo Otomin liczył 52 mieszkańców (w tym 32 katolików i 20 ewangelików), 5 domów mieszkalnych oraz 204,27 ha roli ornej i ogrodowej; 10,99 ha łąk; 23,61 ha pastwisk; 160,45 ha boru; 9,45 ha nieużytków; 41,63 ha wody; razem 450,4 ha. W 1903 właścicielem Otomina była Królewska Komisja OsiedleńczaHistoria wsi Otomin..
W 1996 przywrócono miejscowości nazwę Otomin. Do 1996 wieś nosiła nazwę Szadółki, pomimo włączenia właściwych Szadółek czyli na wschód od Obwodnicy Trójmiejskiej w 1973 w granice administracyjne Gdańska.
W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa gdańskiego.
8 grudnia 2015 w miejscowości erygowano parafię rzymskokatolicką pw. Najświętszej Maryi Panny z Lourdes. Ośrodkiem nowej parafii stał się oddany do użytku w tym samym roku kościół przy ul. KonnejW. Rozenberg, M. Irzyk Powiat gdański: Nowe parafie w Otominie, Przejazdowie i Juszkowie. Wybudują kościół..