We wrześniu 1939 r. został dowódcą rezerwowej 38 Dywizji Piechoty. W kampanii wrześniowej jego dywizja przewidziana była do Grupy Odwodów Naczelnego Wodza „Tarnów”, jednak szybkie postępy wojsk niemieckich spowodowały, że 38 DP włączono bezpośrednio w skład Armii „Małopolska”. Wraz ze swymi oddziałami Wir-Konas przebijał się pod dowództwem gen. broni Kazimierza Sosnkowskiego do oblężonego Lwowa. Ranny 17 września 1939 r. w Woli Dobrostańskiej, po agresji ZSRR na Polskę dostał się do niewoli sowieckiej. Był więziony w obozie w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie.Postanowieniem nr 112-48-07 Prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego z 5 października 2007 został awansowany pośmiertnie na stopień generała brygady.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Jego żoną była Antonina (1896–1991), z którą miał synów Tadeusza (1921–1994), Jacka (1925–2002) i Janka.