Powrót do Polski, wyprawy badawcze na Daleki Wschód W 1900 nakładem Karpińskiego ukazało się polskie wydanie monografii o Jakutach, nosi ono tytuł Dwanaście lat w kraju Jakutów. W 1900 za udział w manifestacji w rocznicę odsłonięcia Pomnika Adama Mickiewicza w Warszawie został aresztowany i wydalony z Kongresówki. Dzięki poparciu Rosyjskiego Towarzystwa Geograficznego w latach 1903–1904 odbył wyprawę na Daleki Wschód Rosji (badał życie tamtejszych narodów) i wyprawę badawczą na wyspy japońskie. W 1903 na Hokkaido, w towarzystwie Bronisława Piłsudskiego przeprowadził badania nad Ajnami. W 1904 przez Koreę, Chiny, Cejlon i Egipt powrócił do Warszawy. Swoje doświadczenia z wyprawy na Hokkaido przedstawił w książce Wśród kosmatych ludzi.
Walka o niepodległość i życie w II Rzeczypospolitej W czasie rewolucji w 1905 więziony kolejno na Pawiaku i w X Pawilonie. Wyjechał do Galicji, przebywał głównie w Krakowie i Zakopanem. W latach 1910–1914 mieszkał w Paryżu. Wstąpił do Związku Strzeleckiego.