Wojnę z Niemcami przebył na czele 25 DP w składzie Armii „Poznań” gen. Tadeusza Kutrzeby. W pierwszych dniach września 1939 dywizja brała udział w walkach na terenie Wielkopolski, skąd musiała się jednak wraz z pozostałymi jednostkami Armii wycofać. Od 9 września uczestniczyła w bitwie nad Bzurą w składzie GO „Koło” gen. bryg. Edmunda Knoll-Kownackiego. Następnie 21 września po ciężkich walkach w Puszczy Kampinoskiej przedarła się mocno osłabiona do Warszawy. Walczyła w obronie stolicy na odcinku Warszawa-Zachód do jej kapitulacji 28 września. W czasie kapitulacji stolicy gen. Alter miał możliwość odlotu samolotem za granicę, ale nie skorzystał z niej pozostając do końca ze swoimi żołnierzamiGenerałowie II Rzeczypospolitej s. 23.
W niewoli niemieckiej proponowano mu podpisanie niemieckiej listy narodowościowej, ale propozycje tę odrzucił, za co był szykanowany przez władze obozowe. Od 1941 przebywał w Oflagu VII A Murnau. W 1944 poważnie chory został przeniesiony do szpitala w Garmisch-Partenkirchen, gdzie zmarł 23 stycznia 1945. Tam też został pochowany.