Premier Kanady nie był zdecydowany jak postąpić. Ostatecznie wystąpił o odroczenie egzekucji, by dać czas na badania psychiatryczne Riela. Konsylium psychiatrów nie potwierdziło niepoczytalności skazanego. Ostateczny termin egzekucji wyznaczono na 16 listopada. 6 listopada Riel sporządził testament. W nocy z 15. na 16. napisał pożegnalny list do matki i przyjął sakramenty. 16 listopada o godzinie ósmej rano stanął na szafocie. Został powieszony w Reginie. Ciało Riela zostało zwrócone rodzinie 9 grudnia i pozostało dwa dni w domu matki, po czym zostało pogrzebane na cmentarzu przy katedrze w St. Boniface.
Proces Riela wzbudził natychmiastowe kontrowersje. Wielu uznało go za stronniczy i nieuczciwy. Na ławie przysięgłych zasiadały wyłącznie osoby o pochodzeniu anglosaskim i protestanci. Sędzia wielokrotnie przerywał mowy obrońców mówiąc, że proces dotyczy Riela, a nie rządu Kanady. .
Louis Riel stał się bohaterem i męczennikiem sprawy Metysów i Indian. Także frankofoni włączyli go do swojej martyrologii. .