Miejscowość opisana została w 1564 podczas lustracji starostwa międzyrzeckiego. We wsi mieszkało 9 osiadłych kmieci, którzy posiadali 4,5 śladów. Z każdego z nich płacili 3. złote 14. groszy czynszu oraz oddawali w naturze 2. kury i 30. jaj. W ramach swoich zobowiązań wykonywali również następujące prace: spulchniali role „włócząc” je, a nie orając, ścinali owies, grabili i zwozili go do folwarku, a także zbierali chrust do wykonywania ogrodzeń. Od karczmy karczmarz płacił 20. groszy czynszu. Sołtys zobowiązany był do posług dla zamku w Międzyrzeczu. Płacił on 3. złote i 14. groszy ze swojego śladu roli, stawu rybnego w Nietoperku oraz od 2. podlegających mu zagrodników. Suma dochodów zamku międzyrzeckiego z Nietoperka wynosiła 20. złotych 8. groszy i 9. denarów. W 1564 dziesięcina ze wsi w postaci wiardunku z 8 łanów należała do uposażenia klucza pszczewskiego biskupa poznańskiego. W 1603 kościół w Nietoperku zajęty został przez innowierców.
Wieś królewska należąca do starostwa międzyrzeckiego. Pod koniec XVI wieku leżała w powiecie poznańskim województwa poznańskiego w Rzeczypospolitej Obojga NarodówAtlas historyczny Polski. Wielkopolska w drugiej połowie XVI wieku. Część II. Komentarz. Indeksy, Warszawa 2017, s.