Czasy nowożytne Pod koniec panowania rzymskiego świątynia odniosła poważne zniszczenia wskutek pożaru. Została odbudowana w IV w. prawdopodobnie za panowania cesarza Juliana Apostaty w latach 361–363 Wkrótce została przebudowana na potrzeby kościoła chrześcijańskiego. W V w. n.e. usunięto z niej niektóre rzeźby, w tym posąg Ateny dłuta Fidiasza, i ok. roku 600 zamieniono go na kościół chrześcijański. W 1205 roku kościół został poświęcony Świętej Matce Aten.
Po zajęciu Aten przez Turków w 1458 roku świątynia została zamieniona w meczet – w jej południowo-zachodnim narożniku wzniesiono minaret. W XVII w. Turcy w gmachu urządzili magazyn amunicji, który eksplodował w 1687 roku podczas oblężenia Aten przez Wenecjan. Eksplozja ta zniszczyła środkową część świątyni. Na początku XIX wieku większość pozostałych tam jeszcze wówczas rzeźb (18 posągów, 15 metop i 56 bloków fryzu) została za zgodą władz tureckich usunięta przez brytyjskiego dyplomatę Thomasa Bruce’a (1766–1841), wywieziona do Anglii jako tzw. „marmury Elgina” i sprzedana British Museum w 1816 roku.