Mieszkańcy Nowego Kisielina szybko przyjęli naukę protestancką. W 1564 roku miejscowi luteranie przy pomocy funduszów dziedzica Hieronima von Burkesdorfa wybudowali przy kościele drewnianą wieżę, na której zawieszono 2 dzwony. Następnie dołączyły do niej dom parafialny i szkoła. Nabożeństwa w rycie protestanckim były odprawiane w miejscowym kościele aż do 4 III 1654 r., kiedy świątynię ponownie przejęli katolicy. Ostatnim luterańskim diakonem (od 1652) był Johann Nippe, znany zielonogórski dysydent, który musiał pod koniec życia opuścić miasto. Zmarł on na krótko przed przymusowym zwróceniem kościoła. Z powodu niewielkiej liczby katolików, świątynia została kościołem filialnym parafii zielonogórskiej, a msze odprawiano raz na trzy tygodnie. Wspólnota ta nie była w stanie utrzymać budynku i w 1815 r. był już zawalony. W 1818 r. właściciel wsi, Bojanowsky, odkupił materiał z ruiny, a na jej miejscu powstała dzwonnica.
W czasie wojny trzydziestoletniej przebywał (1631) we wsi korpusu szwedzki, który sprowadził zarazę, spalił miejscowość i wymordował część ludności.