W Nowych Piekutach i okolicznych wsiach organizował się ruch oporu. Batalion Śmierci zorganizowany przez księdza Modzelewskiego liczył kilkudziesięciu członków i dysponował pewną ilością broni, granatów i materiałów wybuchowych. Organizacja była infiltrowana już latem 1940 roku. Aresztowania nastąpiły na przełomie roku 1940 i 1941.
Od czerwca 1941 rozpoczęła się okupacja niemiecka. W 1944 roku spłonęło wiele zabudowań wsi, a śmierć na polach minowych ponieśli: Baranowski, Henryk Biernat (15 lat) i Anna Olędzka. Ruch oporu prowadzili partyzanci z AK. W miejscowej placówce sformowano 4 plutony. Na jej czele stał przez długi czas por. Kazimierz Kamieński ps. „Huzar”, „Gryf”.
Po II wojnie światowej Wyzwolenie Piekut nastąpiło w roku 1944, jednak walki pomiędzy formującą się władzą ludową a oddziałami podziemia polityczno-wojskowego toczyły się na tym terenie do roku 1948. Raport miejscowego starosty z marca 1946 roku donosił: w nocy z 30 na 31 marca zrabowane zostały akta Zarządu Gminy Piekuty, akta te banda spaliła.
W Piekutach powstała Gminna Rada Narodowa, która istniała do 1954 roku, następnie została zastąpiona przez Gromadzką Radę Narodową.