Przed wyruszeniem na wyprawę na Chiny Timur ustanowił Uług Bega namiestnikiem terenów w północnym biegu Syr-darii oraz „Mogolistanu aż do Chitaju”, które miał podbić. Timur zmarł jednak 18 lutego 1405 roku, zaś kontrolę nad armią i Samarkandą przejął jego wnuk Chalil Sultan (1405–1409). Uług Beg dołączył do swojego ojca w Chorasanie. Kiedy wyznaczony przez Timura sukcesor, Pir Muhammad (1405–1407), poprosił Szahrucha o pomoc przeciwko Chalil Sultanowi ten wysłał armię na czele której stał emir Szahmalik wraz z Uług Begiem. W lutym 1406 roku Chalil Sultan pokonał jednak siły sprzymierzeńców w pobliżu Karszy, zaś rok później Pir Muhammad został zamordowany. Na wiosnę 1409 roku Szahruch pokonał Chalila Sultana i 13 maja 1409 roku wkroczył do Samarkandy. Szahruch wkrótce powrócił do Heratu, zaś Uług Beg został namiestnikiem swojego ojca w Mawarannahrze, pod opieką Szahmalika.