Na początku 2004 Kaczmarski całkowicie stracił głos i kontaktował się jedynie w formie pisemnejhttps://ruj.uj.edu.pl/xmlui/bitstream/handle/item/68435/spiechowicz_doswiadczenie_umierania_w_tunelu_jacka_kaczmarskiego_2018.pdf?sequence=1&isAllowed=y.. 17 marca 2004 otrzymał nagrodę Fryderyka za całokształt twórczości. Nagrody nie był już w stanie odebrać osobiście. Nad ranem 10 kwietnia 2004 w szpitalu w Gdańsku stracił przytomność. Zmarł tego samego dnia około godziny 18:30. Przed śmiercią został ochrzczony w wyznaniu rzymskokatolickim. 24 kwietnia jego prochy spoczęły w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera C31-tuje-17).
Nagrobek, pierwotnie przedstawiający struny gitary rozpięte między dwiema skałami, został zdewastowany. Autorem przeprojektowania uwzględniającego kradzież strun jest Janusz Kaczmarski, ojciec poetyStrona Fundacji im. Jacka Kaczmarskiego..
Był członkiem Stowarzyszenia Pisarzy Polskich, zasiadał też w Radzie Nadzorczej Stowarzyszenia Pracowników, Współpracowników i Przyjaciół Rozgłośni Polskiej Radia Wolna Europa Imienia Jana Nowaka-Jeziorańskiego w Warszawie.