Dodatkowo w 1900 Malczewski popadł w konflikt z rektorem ASP Julianem Fałatem, którego służalczość wobec władz zaborczych oraz forsowanie przestarzałego programu nauczania zraziły Malczewskiego do uczelni. Opuściwszy na 10 lat ASP, Malczewski w międzyczasie organizował wiele wystaw swoich prac; w 1903 po raz pierwszy odbyła się indywidualna wystawa twórczości Malczewskiego w Towarzystwie Przyjaciół Sztuk Pięknych w Krakowie i Lwowie, a także w Towarzystwie Zachęty Sztuk Pięknych w Warszawie. thumb|Jacek Malczewski, autoportret (1925) W 1908 nadano mu tytuł profesora. W 1909 otrzymał Nagrodę Akademii Umiejętności z fundacji Probusa Barczewskiego za obraz (tryptyk) Grosz czynszowy. Gdy w 1910 rektorem ASP został Teodor Axentowicz, Malczewski powrócił na stanowisko profesora, a w 1912 objął stanowisko rektora. Funkcję tę pełnił do wybuchu I wojny światowej, kiedy uciekł na dwa lata z Krakowa w obawie przed frontem wschodnim. Początek wojny spędził w Wiedniu, starając się dowieść swojej lojalności przed władzami austro-węgierskimi. Do Krakowa powrócił w 1916. thumb|Grobowiec Jacka Malczewskiego w Krypcie Zasłużonych na Skałce W 1921 ustąpił z funkcji profesora ASP. Jubileusz 70-lecia życia i 50-lecia pracy malarskiej obchodził, organizując wystawy swoich obrazów w Krakowie, Lwowie, Warszawie i Poznaniu.