W wyniku żądań władz okupacyjnych odstąpiono od utworzenia Departamentu Wojskowego, który zastępowała Komisja Wojskowa, zaś Józef Piłsudski wchodził w skład wydziału wykonawczego jako "referent wojskowy".
Komisje przygotowawcze
Komisja Konstytucyjno-Sejmowa Zgodnie z § 7 rozporządzenia o tymczasowej Radzie Stanu w Królestwie Polskiem TRS miała przygotować projekty rozporządzeń ustanawiających wspólne przedstawicielstwo części Królestwa Polskiego, administrowanych przez monarchię austro-węgierską oraz Rzeszę niemiecką. W § 9 swojego regulaminu Tymczasowa Rada Stanu przewidziała uchwalenie ustawy konstytucyjnej oraz ustawy o sejmieOssolineum, . W celu przygotowania projektów tych ustaw 17 stycznia 1917 TRS powołała Komisję Konstytucyjno-Sejmową. W dniu 28 lipca 1917 komisja ta przyjęła projekt konstytucji Królestwa Polskiego. Natomiast 6 marca 1918 komisja ta, działając wciąż na podstawie upoważnienia Tymczasowej Rady Stanu, przyjęła projekt ordynacji wyborczej do Sejmu w: .
Komisja Komisarska Zadaniem komisji było opracowanie regulaminu określającego kompetencje terenowych organów Rady. Przewodniczącym komisji był Stefan Dziewulski, a członkami radcy Michał Łempicki, Józef Kozłowski, Andrzej Maj i Adam Łuniewski.