Podczas pierwszej fazy wojny japońsko-rosyjskiej, „Nowik” aktywnie uczestniczył w walkach z japońską flotą wokół Port Artur, począwszy od odpierania otwierającego wojnę nocnego ataku torpedowców japońskich 9 lutego 1904 (29 stycznia starego stylu). W bitwie z flotą japońską 9 lutego 1904 został lekko uszkodzony. 10 sierpnia 1904 uczestniczył w bitwie na Morzu Żółtym, gdzie został lekko uszkodzony (3 trafienia, 2 zabitych, 1 ranny). Jako jednemu z kilku okrętów rosyjskich udało mu się przerwać blokadę japońską, po czym, jako jedyny, dowódca „Nowika”, Maksimilian Schultz zdecydował się na samotną próbę przebicia do Władywostoku, zgodnie z pierwotnym planem. Obrał on kurs naokoło Wysp Japońskich, lecz 20 sierpnia został przechwycony przez japońskie krążowniki i w okolicy portu Korsakow na Sachalinie. Uszkodzony w walce, musiał zawrócić do portu Korsakow, gdzie został zatopiony przez załogę. W toku boju doznał 5 trafień (w tym 3 podwodnych), zginęło 2 marynarzy i raniono 17.
Od 2 maja 1901 na „Nowiku” służył Polak Kazimierz Porębski, początkowo jako oficer torpedowo-minowy, a od 17 kwietnia 1904 do zniszczenia okrętu jako starszy oficer (zastępca dowódcy). Odznaczył się podczas walk okrętu z Japończykami i został uhonorowany przez cara m.in.