12 grudnia 1501 w katedrze na Wawelu koronowany został na króla Polski przez najmłodszego syna Kazimierza Jagiellończyka i swojego brata arcybiskupa gnieźnieńskiego i prymasa Polski kardynała Fryderyka Jagiellończyka w obecności m.in. matki Elżbiety Rakuszanki. Żona Aleksandra nie została koronowana na królową Polski, czemu sprzeciwiali się biskupi, gdyż wyznawała wiarę prawosławną. Koronę uzyskał dopiero po podpisaniu dwóch aktów ustrojowych, przygotowanych przez możnowładców polskich: o zrzeczeniu się swych praw dziedzicznych do Litwy i zacieśnieniu unii polsko-litewskiej (unia mielnicka, 1501) oraz przyznaniu władzy w kraju senatowi na mocy przywileju mielnickiego, co rychło nastąpiło. Było to równoznaczne z poddaniem króla kontroli magnatów.
Sobiepańskiej władzy magnaterii przeciwdziałała jednakże szlachta, uchwalając na Sejmie w Radomiu w 1504 r. ustawy, zabraniające łączenia wysokich urzędów w jednym ręku i ograniczające rozdawnictwo dóbr królewskich. Sejm ten ustalił też organizację i kompetencje najwyższych urzędów państwowych. Lekkomyślne dysponowanie zasobami skarbu doprowadziło do jego opustoszenia, co uniemożliwiało odpieranie najazdów tatarskich i wołoskich.