Powrót języka do szkół i uznanie go za język oficjalny nastąpiło dopiero w 1989 roku na mocy ustawy o funkcjonowaniu języków używanych na terytorium Mołdawskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej z dnia 1 września 1989 roku. Mimo to językiem dominującym w mediach, urzędach i edukacji pozostał język rosyjski, przy czym na poziomie ponadpodstawowym nauczanie odbywa się wyłącznie w tym języku. W konsekwencji znajomość języka gagauskiego wśród Gagauzów systematycznie spada. Jest on używany niemal wyłącznie na prowincji. W miastach i większych osadach dominuje język rosyjski. Według badań przeprowadzonych w 2012 r. przez Państwowy Uniwersytet w Kiszyniowie na terenie Gagauzji 94% etnicznych Gagauzów deklarowało znajomość języka rosyjskiego, przy czym 48% z nich posługiwało się nim jako językiem ojczystym. Natomiast jedynie 44% Gagauzów deklarowało znajomość języka gagauskiego.
Po 1989 roku w Mołdawii drukowane są książki i wydawane gazety w języku gagauskim, takie jak „Saba Ałryzy” (Gwiazda Poranna), „Ana Sözü” (Ojczyste Słowo), „Gagauz Sesi” (Gagauski Głos).
Ważnym badaczem języka gagauskiego był Polak – profesor Tadeusz Kowalski (1889–1948), słynny turkolog Uniwersytetu Jagiellońskiego.