Prawdopodobnie w wyniku donosów konfidentów, zwłaszcza ppor. Jerzego Wojnowskiego ps. „Motor”, w dniu 12 lipca 1943 niemiecka ekspedycja karna spacyfikowała wieś. Tego dnia 102 mieszkańców zostało zamordowanych, w większości przez spalenie żywcem w stodołach. 10 Polaków podejrzewanych o współpracę z podziemiem zostało deportowanych do obozów koncentracyjnych (przeżyło troje), a 18 młodych kobiet i dziewcząt wywieziono na roboty przymusowe.
Wieść o akcji pacyfikacyjnej dotarła do „Ponurego” zbyt późno by interweniować. Dowództwo oddziału zdecydowało się więc na akcję odwetową. W nocy z 12 na 13 lipca pod posterunkiem blokowym Podłazie żołnierze AK zatrzymali pociąg pośpieszny relacji Warszawa-Kraków i zastrzelili co najmniej kilkunastu Niemców. Na burtach wagonów partyzanci wyryli napisy „Za Michniów”. Następnego dnia Niemcy ponownie spacyfikowali Michniów, tym razem mordując wszystkich przebywających we wsi Polaków bez względu na wiek i płeć. Łącznie ofiarą masakr dokonanych w dniach 12 i 13 lipca 1943 padło co najmniej 204 mieszkańców Michniowa (tyle nazwisk udało się ustalić historykom). Najmłodsza ofiara – Stefan Dąbrowa – miał 9 dni. Nie jest przy tym wykluczone, że w gronie osób zamordowanych w dniach 12-13 lipca 1943 znalazły się nierozpoznane dotąd osoby, nie będące stałymi mieszkańcami Michniowa.