XIV-XVI wiek Historia miejscowości sięga XIV wieku, kiedy to w 1339 roku Dietrich von Altenburg przekazał ziemie wsi Janowi w zamian za zasługi dla zakonu krzyżackiego. W 1380 roku w wyniku powstania nowej wsi Słupno (obecnie Młynek), wieś utraciła 21 włók (około 377 ha). W ciągu następnych lat wieś miała wielu właścicieli oraz stopniowo coraz większą jej część posiadał we własności zakon kartuzów. Zakon posiadał całą wieś w roku 1437. Przywilej sołecki został nadany wsi w 1547 roku. Wizytacja Hieronima Rozrażewskiego w 1583 roku stwierdziła iż wieś zamieszkiwało w tamtym czasie 30 gburów.
XVII-XIX wiek Wojny XVII i XVIII wieku spowodowały zahamowanie rozwoju wsi oraz jej ubożenie. W 1693 roku zakwaterowano we wsi 18 żołnierzy konnych z rozkazu Daniela Meiera. Kolejnym dużym obciążeniem dla miejscowości była konieczność utrzymywania stacjonującej w miejscowości grupy polskiego wojska w 1701 roku. Ze względu na pogorszającą się sytuację majątkową wsi, klasztor kartuzów do których należała miejscowość zmuszeni oni byli zastawić miejscowość w roku 1701 Kazimierzowi Czapskiemu, lecz udało się zakonnikom wykupić wieś 11 lat później. Przed III wojną północną w Małkowie żyło 2 gburów i 5 chałupników, natomiast już w 1710 roku pozostał jedynie 1 gbur i 4 chałupników.