1 września 1939 roku niemieckie samoloty zbombardowały lotnisko i obiekty wojskowe. Bomby zniszczyły również 16 budynków wiejskich. Z ludności cywilnej zginęli: Franciszek Iwaniuk, Paulina Karpiszuk, Julian Mazur. Do 17 września zginęło 14 żołnierzy, a po zakończeniu wojny obronnej, dwóch. Lotnisko zostało zajęte przez Niemców. W 1940 roku niemiecki realizator filmowy Hans Bertram, wykorzystał wraki samolotów „Łoś” w Małaszewiczach do propagandowego filmu Kampfgeschwader Lützow.
W roku 1940 Niemcy odbudowali lotnisko, angażując do pracy jeńców wojennych. W latach 1942–1944 przy torach kolejowych na terenie tzw. „Weroniki" Niemcy utworzyli obóz pracy dla ludności pochodzenia żydowskiego. Około tysiąca Żydów pracowało dla „Bauabteilung Luftwaffe". Na rzecz Niemców przymuszono do pracy 200 Polaków w wieku 15–25 lat. Pracowali oni w obozie Baudienstu. Na lotnisku pracowali również jeńcy Armii Czerwonej oraz później jeńcy włoscy. W pobliżu lotniska rozbudowano linię kolejową, którą transportowano sprzęt na front wschodni. Lotnisko i linia kolejowa stały się dla ruchu oporu miejscem sabotażu i dywersji.