W czasie insurekcji kościuszkowskiej w marcu 1794 roku agitację na terenie Sokółki prowadził Joachim Litawor Chreptowicz. W kwietniu tego roku stacjonujący w mieście regiment liczył 600 osób. Po zajęciu Grodna przez Rosjan, 9 maja w Sokółce podpisany został przez kilkaset osób akces do powstania oraz zawiązano w nim Komisję Porządkową Powiatu Grodzieńskiego. Wydana została też specjalna odezwa do mieszkających na tych terenach Tatarów. W lipcu komisja ogłosiła Uniwersał połaniecki.
Okres rozbiorów mały|Herb Sokółki z 1845 roku W 1795 roku, po III rozbiorze Polski, miasto przejściowo znalazło się w zaborze pruskim, w prowincji Prusy Nowowschodnie. Do czasu Pokoju w Tylży w roku 1807, gdy Sokółka znalazła się w zaborze rosyjskim, stacjonował w niej szwadron wojsk pruskich, liczący 228 osób. W latach 1792 i 1803 wybuchały pożary, w wyniku których spłonęła część miasta, a w roku 1796 kościół parafialny. Zgodnie z postanowieniami traktatu tylżyckiego z 1807 roku Sokółka została przekazana Imperium Rosyjskiemu, pod którego władzą pozostawała aż do 1915 roku.
W pierwszej połowie XIX w. miasto było podzielone na trzy części. Na ich czele stali tzw. dozorcy, niższym stopniem zarządzania byli dziesiętnicy.