Przypisał też McClintock 10 z 17 znaczących postępów na tym polu dokonanych przez naukowców z Cornell w latach 1929–1935.
W 1930 McClintock została pierwszą osobą, która opisała krzyżowe interakcje między homologicznymi chromosomami podczas mejozy. W następnym roku, McClintock i Creighton wykazały powiązanie między cross-over chromosomów podczas mejozy a rekombinacją cech genetycznych. Zaobserwowały korelację widzianej pod mikroskopem rekombinacji chromosomów z powstawaniem nowych cech. Do tego czasu jedynie hipotezowano, że rekombinacja genetyczna może zachodzić podczas mejozy, ale brakowało na to genetycznych dowodów. McClintock w 1931 opublikowała pierwszą genetyczną mapę kukurydzy, pokazując kolejność trzech genów na chromosomie 9. Ta informacja zawierała dane niezbędne do badań nad crossing-over, których wyniki opublikowała z Creighton. Wykazały one, że crossing-over zachodzi w chromatydach siostrzanych tak samo, jak i w chromosomach homologicznych. W 1938 dokonała cytogenetycznej analizy centromeru, opisując organizację i funkcje centromeru, tak jak i fakt, że może on ulegać podziałowi.