Dzieciństwo thumb|Rodzeństwo McClintocków, od lewej do prawej: Mignon, Malcolm Rider „Tom”, Barbara i Marjorie thumb|Rodizna McClintocków, od lewej do prawej: Mignon, Tom, Barbara, Marjorie i Sara (przy pianinie) Barbara McClintock urodziła się jako Eleanor McClintock 16 czerwca 1902 w Hartford, w stanie Connecticut, jako trzecie z czworga dzieci lekarza homeopaty Thomasa Henry’ego McClintocka i Sary Handy McClintock. Thomas McClintock był synem brytyjskich imigrantów, a Sara Ryder Handy pochodziła ze starego amerykańskiego rodu przybyłego do Ameryki na statku Mayflower. Marjorie, ich najstarsze dziecko, urodziła się w październiku 1898, Mignon, druga córka, w listopadzie 1900, a najmłodszy, Malcolm Rider (nazywany Tomem), 18 miesięcy po Barbarze. Gdy była małą dziewczynką, jej rodzice zdecydowali że Eleanor, „kobiece” i „delikatne” imię nie jest dla niej odpowiednie, i zastąpili je Barbarą. McClintock w bardzo młodym wieku była niezależnym dzieckiem, tę cechę określała potem u siebie jako „zdolność do bycia samą”. Od trzeciego roku życia do rozpoczęcia szkoły żyła z ciotką i wujkiem w Brooklynie, aby odciążyć finansowo swoich rodziców, w czasie gdy ojciec zakładał praktykę lekarską. Opisywano ją jako samotnicze i niezależne dziecko.