Aresztowanie, śmierć i ocena Po zajęciu Pragi przez Armię Czerwoną 13 maja 1945 Emil Hácha na polecenie ministra spraw wewnętrznych Václava Noska został aresztowany i osadzony w szpitalu więziennym Pankrác. Nowym władzom potrzebny był wówczas jasny i czytelny obraz szlachetnych zwycięzców i podłych kolaborantów, do których zaliczono dogorywającego prezydenta. Stan jego zdrowia pozwala przypuszczać, że nie zauważył on nawet zmiany miejsca pobytu. Od końca 1943 chwile jasności umysłu były u niego rzadkością: stale nieobecny duchem nie reagował na pytania. Po dwóch dniach agonii zmarł 27 czerwca o godzinie 20:50. Trzy dni później został pochowany w nieoznaczonym grobie na Cmentarzu Vinohradskim w Pradze. Poza księdzem w pogrzebie uczestniczyła tylko córka Milada, zarazem najbliższa współpracowniczka w ostatnim okresie prezydentury, oraz jej były mąż. Obecnie grób jest oznaczony.
Przez wielu uważany jest za najtragiczniejszą postać czechosłowackiej historii, przez innych – za uosobienie zdrajcy. Historycy twierdzą, iż jako idealista był człowiekiem próbującym uratować tyle wolności dla swego narodu, ile tylko się dało, że kolaborując z wrogiem, dokonywał wyboru mniejszego zła.