9 września 1939 Wejherowo zajęte przez Niemców. Ci nadali mu nazwę nieznacznie zmienioną względem obowiązującej w czasach II Rzeszy: Neustadt in Westpreußen, czyli Nowe Miasto w Prusach Zachodnich. Zasłużony burmistrz Teodor Bolduan został natychmiast aresztowany i rozstrzelany. Krótko po zakończeniu działań wojennych miasto odwiedził gauleiter Pomorza Albert Forster, który publicznie groził antyniemiecko nastawionym mieszkańcom Wejherowa. W okresie okupacji działała konspiracyjna organizacja TOW „Gryf Pomorski”. Na przełomie 1939 i 1940 Niemcy rozstrzelali w lasach piaśnickich 12-14 tys. ludzi, w tym wielu wejherowian. 12 marca 1945 miasto zostało zdobyte przez jednostki 1 Armii Pancernej Gwardii i 19 Armii 2 Frontu Białoruskiego oraz oddziały 2 i 3 batalionu czołgów polskiej 1 Brygady Pancernej im. Bohaterów Westerplatte. Ku ich pamięci, w maju 1970 ustawiono Pomnik – czołg (T-34-85) przy ul. Ofiar Piaśnicy. Obecnie czołg stoi w Parku Kaszubskim, przy Strzeleckiej.
W 1975 Wejherowo utraciło status siedziby powiatu, by w 1999 go odzyskać (w ramach reformy przywrócono w Polsce powiaty i utworzono województwo pomorskie). W latach 2006–2008 przeprowadzono pierwszą od czasów powstania gruntowną renowację zabytkowego kompleksu Kalwarii Wejherowskiej. mały|Pomnik Jakuba Wejhera mały|Ratusz miejski W skrócie: