15 marca 1939 marszałek Śmigły-Rydz powierzył mu dowództwo południowego odcinka granicznego, a w dniu 11 lipca 1939 mianował dowódcą Armii „Karpaty”. W czasie kampanii wrześniowej podejmował szereg błędnych decyzji, których rezultaty przekreśliły rachuby związane z możliwością obrony Polski południowo-wschodniej. Na przykład w wyniku przedwczesnego wycofania 6 września 24 Dywizji Piechoty z linii Dunajca i oddania Tarnowa, nastąpił kryzys położenia znajdującej się jeszcze na wschodnim brzegu rzeki GO Boruta, która w efekcie musiała walczyć o możliwość przejścia przez Dunajec. Przy okazji spowodowano tym samym trudności paliwowe 10 Brygady Kawalerii, która właśnie w Tarnowie zamierzała zaopatrzyć się w materiały pędne. Nade wszystko jednak doszło do zejścia wielkich polskich jednostek z głównych szlaków komunikacyjnych (Kraków – Rzeszów – Lwów i Nowy Sącz – Sanok), którymi poruszały się niemieckie jednostki szybkie (XXII Korpus Pancerny: 4 Dywizja Lekka i 2 Dywizja Pancerna), przeciwko którym pozostawiona została 10 BK.