Lata 90. W latach dziewięćdziesiątych R.E.M. zmienił styl grania na bardziej rockowy, czego przykładem były kolejne dwie płyty z lat 1994 i 1996 – Monster i New Adventures in Hi-Fi. Do największych przebojów należały wówczas: „Losing My Religion”, „Shiny Happy People” (piosenka nagrana z Kate Pierson z The B-52’s), „Everybody Hurts”, „Drive”. Jedna z płyt grupy, Automatic for the People, została sklasyfikowana na 247 miejscu listy 500 albumów wszech czasów magazynu Rolling Stone. W roku 1997 grupę opuścił perkusista Bill Berry. W roku 1998 ukazała się płyta Up, był to pierwszy album nagrany przez R.E.M. jako trio. Kolejna płyta, która ukazała się w tym samym składzie, to album Reveal z 2001 roku.
Jubileusz W roku 2003 została wydana jubileuszowa kompilacja największych przebojów R.E.M. z okresu 1988–2003 pt: In Time: The Best of R.E.M. 1988–2003. Wydanie płyty poprzedziła trasa koncertowa, w czasie której 10 lipca R.E.M. zagrał koncert w Polsce na warszawskim Torwarze. W roku 2004 zespół wydał album Around the Sun, na którym znalazła się piosenka „Leaving New York”. Wydanie płyty wiązało się z promującą trasą koncertową po całym świecie, która zakończyła się 10 lipca 2005 roku na Millennium Stadium w Cardiff (Wielka Brytania).