Według Kroniki wielkopolskiej w 1253 roku w dobrach Siemowita I syna Konrada Mazowieckiego odbyła się w Kozłowie konsekracja Piotra biskupa poznańskiego, a razem z nim dominikanina Wita na biskupa LitwyRocznik kapituły poznańskiej, [w:] MPH n.s., t. 6, wyd. B. Kürbis, Warszawa 1985, s. 33–34. Obrzędu dopełnił arcybiskup gnieźnieński Pełka.
Według tablic informacyjnych na terenie kościelnym, w 1410 roku, jak odnotowuje w swych kronikach Jan Długosz, kościół w Kozłowie Biskupim był miejscem postoju króla Władysława Jagiełły, który śpieszył tędy z Wolborza ku polom Grunwaldu. 28-30 VI 1410 roku do obozu królewskiego przybył goniec z wiadomością od Księcia Litewskiego Witolda ,że śpiesząca od wschodu armia litewsko-ruska znajduje się przy ujściu Narwi i prosi o przesłanie posiłków dla osłonięcia przeprawy. Powyższa wiadomość stała się sygnałem dla króla Jagiełły do przeprawy sił głównych przez Wisłę w okolicach Czerwińska, co też rozpoczęło się 1 lipca 1410 roku.
Pierwotny kościół fundowany był w XII wieku, w obecnej formie pochodzi z 1443 roku. Murowany, gotycki budynek wzniesiono na zlecenie biskupa Andrzeja z Bnina. Nowy kościół otrzymał wezwanie Wszystkich Świętych i posiadał trzy ołtarze.