Wyznanie To, jakiego wyznania był El Greco i jego rodzina, jest kwestią sporną. Wielu naukowców badających po 1960 życie malarza, m.in. Nicholas Panayotakis, Pandelis Prevelakis czy Maria Constantoudaki, wykazuje, że rodzina El Greca i jego przodkowie byli prawosławnymi Grekami, a jeden z nich był nawet kapłanem prawosławnym. Prevelakis wyciąga jeszcze bardziej odważne wnioski, wyrażając wątpliwości co do tego, czy El Greco był praktykującym katolikiemWethey, Harold E.; Forsyth, G. H.; Levitine, G.; Wethey, H. E.; Kelemen, P. l. (marzec 1966). „Letter to the Editor”. Art Bulletin. College Art Association. 48 (1), s. 125–127.. Profesor Andrzej Witko podtrzymuje opinie pierwszych biografów El Greca i uważa, że katolicyzm artysty przejawia się głównie w jego dziełach. Inspiracją dla nich były doktryny Kościoła, podparte nauką Soboru trydenckiego. Jak twierdzi Witko: David Davies, brytyjski uczony i znawca twórczości El Greca, uważał artystę za katolika obrządku łacińskiego pozostającego pod wpływem Erazma z RotterdamuDavid Davies „El Greco”, 2003 National Gallery. London, za: Fernardo Marías „El Greco 2014: Poprzez pożółkłe werniksy czy nowym spojrzeniem?”, w: Andrzej Witko: W przedsionku niebios, s. 20..