Miejscowość w 1772 roku w ramach I rozbioru Polski została włączona do Królestwa Prus i znalazła się w Obwodzie Nadnoteckim ze stolicą w Bydgoszczy. Odnotowano ją na mapie topograficznej Friedricha von Schröttera (1798–1802). Spis miejscowości rejencji bydgoskiej z 1860 r. podaje, że we wsi Kobylarnia (niem. Eichdorf, powiat szubiński) mieszkało 57 osób (wszyscy ewangelicy) w 10 domach. Najbliższa szkoła elementarna znajdowała się w Łabiszynie. Miejscowość należała do parafii katolickiej i ewangelickiej w ŁabiszynieVerzeichniss sämmtlicher Ortschaften des Regierungs-Bezirks Bromberg. Bromberg 1860.
W II połowie XIX wieku z Kobylarnią od zachodu sąsiadowała osada Czyszowiec i Stare Smolno, a od południa Lubionka. Słownik geograficzny Królestwa Polskiego dla roku 1884 podaje, że w okręgu wiejskim KobylarniaW XIX wieku gmina wiejska Kobylarnia składała się ze wsi (kolonii) Kobylarnia oraz osad: Lubionka, Czyszowiec i Stare Smolno mieszkało 232 osób (228 ewangelików, 4 katolików) w 33 domach. Najbliższa stacja kolejowa znajdowała się w Chmielnikach, a poczta w Łabiszyniehttp://dir.icm.edu.pl/pl/Slownik_geograficzny/Tom_IV/212 dostęp 6-10-2014. W tym samym czasie w osadzie Lubionka mieszkało 39 osób w 5 domachhttp://dir.icm.edu.pl/pl/Slownik_geograficzny/Tom_V/417 dostęp 6-10-2014.