W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa olsztyńskiego.

Historia Wieś założona około 1388 roku jako wieś kościelna, w powiecie szczycieńskim, na polsko-pruskich Mazurach. Lokowana na stosunkowo dużym obszarze, bo aż 350 włókach. W kolejnych wiekach dobra często zmieniały właścicieli. W połowie wieku XIX do wsi należało niespełna 70 włók magdeburskich.

Według opisu Orłowicza, na początku XX w. była to wieś mazurska licząca 500 mieszkańców o zabudowie murowanej. We wsi były dwa kościoły: ewangelicki (stojący na wzgórzu w północnej części wsi) i katolicki, duża gorzelnia. W ogrodzie plebanii znajdowała się okazała lipa, a w sąsiedztwie park dworski. Na wzgórzu, znajdującym się dwa kilometry na północ od wsi, znajdowała się wojskowa wieża widokowa.

Od 1 stycznia 1957, na mocy nowego podziału administracyjnego, Kobułty należą terytorialnie do gminy Biskupiec. W roku 2005, Kobułty otrzymały wyróżnienie w konkursie „Czysta i estetyczna zagroda – estetyczna wieś 2005” organizowanym przez Związek Gmin Warmińsko-Mazurskich.

W miejscowości był przystanek kolejowy Kobułty.