Badania Kroebera obejmują również Amerykę Południową i Indian zamieszkujących okolice Peru, gdzie dokonał odkryć archeologicznych, które pozwoliły mu na próbę klasyfikacji kultur peruwiańskich.
Prowadził badania antropologiczne w krajach obu Ameryk, głównie w amerykańskim Nowym Meksyku (1915–1920), Meksyku (1924, 1930) i Peru (1925, 1926, 1942), badał tam pierwotne kultury indiańskie (np. Mohave, Zuni, Yurok). Badania częściowo prowadził również w Azji Południowo-Wschodniej.
Współpracował także z Ishi, ostatnim Indianinem z ludu Yana, którego historię życia opisała żona Kroebera, Theodora Kroeber w książce pt. Ishi in Two Worlds.
Po przejściu na emeryturę Kroeber nie przerwał działalności naukowo-pisarskiej. Jeszcze w 1959 roku, tuż przed śmiercią, wspólnie z Samuelem A. Barrettem podjął się utrwalenia na taśmach magnetofonowych i kolorowych filmach resztek kultury i języka Indian amerykańskich, przyjmując na ten cel pomoc finansową (76 tys. dolarów) z National Science Foundation.