Lata 60. i 70. XX wieku W 1960 roku został mianowany profesorem zwyczajnym. W marcu 1964 roku podpisał List 34 autorstwa intelektualistów, złożony prezesowi Rady Ministrów Józefowi Cyrankiewiczowi, w którym domagano się zmiany polskiej polityki kulturalnej zgodnie z prawami zagwarantowanymi w konstytucji państwa polskiego. Po późniejszych represjach ze strony władz, podpisał inny list do The Times, zawierający stwierdzenie, że w Polsce nie było represji, i dyskredytujący Radio Wolna Europa. Gdy w styczniu 1971 roku zapadła decyzja o odbudowie Zamku Królewskiego w Warszawie, Aleksander Gieysztor został członkiem Obywatelskiego Komitetu Odbudowy. Od 1971 roku członek PAN. Mianowany w 1975 roku wiceprzewodniczącym komitetu odbudowy Zamku Królewskiego. Pierwszy długoletni dyrektor Zamku (do 1991), związany od początku z jego odbudową, a jeszcze wcześniej z pracami badawczymi. Pierwsze publikacje dotyczące Zamku napisał już w latach 50. XX wieku.